Begin het proces van het identificeren van onbekende bacteriën door hun fysieke kenmerken, zoals celwand, vorm en koppelingen, te observeren. Gebruik standaard laboratoriumprocedures, zoals celkleuring, kweken en DNA-sequencing om uw identificatie verder te verfijnen. Bacteriën zijn over het algemeen gegroepeerd in soorten op basis van hun fysieke en metabolische eigenschappen, in plaats van hun genetische relaties met elkaar.
Positieve of negatieve

Eubacteriën zijn de zogenaamde echte bacteriën. Ze onderscheiden zich van archaea of archaebacteria, die een afzonderlijk koninkrijk vormen. Eubacteriën zijn prokaryoten, wat betekent dat ze een nucleair membraan missen. De meeste hebben celmembranen en celwanden. Bacteriën met dikke cellenwanden worden grampositief genoemd omdat ze vatbaar zijn voor dood tijdens een test die de Gram-vlek wordt genoemd. De Gram-kleuring is de eerste test die wordt gebruikt bij bacteriële classificatie. Bacteriën met dunne of afwezige celwanden zijn gram-negatief omdat ze de Gram-vlekkleurstof niet vangen.
Vorming van bacteriën

Sferische bacteriën worden cocci genoemd, bacteriën die rechte staven vormen worden bacillen genoemd en bacteriën met een tussenvorm worden coccobacilli genoemd. Deze kunnen allemaal gram-negatief of gram-positief zijn. Stijve, spiraalvormige bacteriën staan bekend als spirilla en zijn alleen gram-negatief. Flexibele, onafhankelijk mobiele, spiraalvormige bacteriën worden spirocheten genoemd en zijn gramneutraal. Ten slotte worden stijve, kommavormige staven vibrios genoemd en zijn ze gramnegatief. Een paar weinig bekende en slecht begrepen bacteriën hebben verschillende vormen, zoals de stervormige stella en bijlvormige labrys. Er zijn ook twee intermediaire bacteriegroepen. Rickettsia zijn vergelijkbaar met virussen, hebben verschillende vormen, zijn gram-negatief en kunnen alleen in andere cellen overleven. Mycoplasma, die vergelijkbaar zijn met schimmels, missen celwanden en bevatten veel soortspecifieke, longontsteking veroorzakende longpathogenen.
Kubussen, clusters en andere koppelingen

Cocci en bacillen worden verder geclassificeerd door de koppelingen die ze vorm na celdeling. Diplococci en diplobacilli blijven in paren bij elkaar. Streptokokken en streptobacillen vormen ketens. Tetrad-cocci blijven in vierkanten van vier bacteriën. Sarcinae cocci vormen acht-bacterieblokjes en stafylokokken vormen clusters.
Identificatie van de bacterie

Als u een onbekende bacterie hebt en u wilt deze identificeren, voert u meestal een gramkleuring uit en observeert u de kolonie uiterlijk en de individuele kenmerken. Op dat moment kun je zeggen dat je bijvoorbeeld een gram-negatieve, aerobe streptobacillen hebt. U kunt uw monster vervolgens vergelijken met verschillende bekende bacteriën door het op verschillende kweekmedia te plaatsen die de groei van sommige soorten stimuleren en andere remmen, of door het monster te testen op verschillende bekende bacteriële bijproducten. Als laatste redmiddel kan DNA-sequentiebepaling bepalen of u een bekende of onbekende bacteriesoort of stam heeft, op voorwaarde dat u deze vergelijkt met een soort of stam waarvan het genoom al is gesequenced.