Terwijl de meeste mensen het samengestelde model uit de laboratoriumklasse voorstellen als ze aan microscopen denken, zijn er veel soorten microscopen beschikbaar. Deze handige apparaten worden dagelijks gebruikt door onderzoekers, medische technici en studenten; het type dat ze selecteren, hangt af van hun middelen en behoeften. Sommige microscopen bieden een hogere resolutie met een lagere vergroting en vice versa, en ze variëren in kosten van tientallen tot duizenden dollars.
Eenvoudige microscoop

De eenvoudige microscoop wordt algemeen beschouwd als de eerste microscoop. Het werd in de 17e eeuw gemaakt door Antony van Leeuwenhoek, die een bolle lens combineerde met een houder voor specimens. Vergroot tussen 200 en 300 keer, het was in wezen een vergrootglas. Hoewel deze microscoop eenvoudig was, was hij nog steeds krachtig genoeg om van Leeuwenhoek informatie te verschaffen over biologische monsters, inclusief het verschil in vorm tussen rode bloedcellen. Tegenwoordig worden eenvoudige microscopen niet vaak gebruikt omdat de introductie van een tweede lens heeft geleid tot de krachtigere samengestelde microscoop.
Samengestelde microscoop

Met twee lenzen biedt de samengestelde microscoop een betere vergroting dan een eenvoudige microscoop; de tweede lens vergroot het beeld van de eerste. Samengestelde microscopen zijn heldere veldmicroscopen, wat betekent dat het monster van onderaf wordt verlicht, en ze kunnen binoculair of monoculair zijn. Deze apparaten bieden een vergroting van 1000 keer, wat als hoog wordt beschouwd, hoewel de resolutie laag is. Deze hoge vergroting stelt gebruikers echter in staat om objecten die te klein zijn om met het blote oog te zien, van dichtbij te bekijken, inclusief individuele cellen. Specimens zijn meestal klein en hebben een zekere mate van transparantie. Omdat samengestelde microscopen relatief goedkoop maar toch nuttig zijn, worden ze overal gebruikt, van onderzoekslaboratoria tot biologielessen in de middelbare school.
Stereo-microscoop

De stereomicroscoop, ook wel een ontledingsmicroscoop genoemd, biedt een vergroting tot 300 keer . Deze verrekijker microscopen worden gebruikt om te kijken naar ondoorzichtige objecten of objecten die te groot zijn om te worden bekeken met een samengestelde microscoop, omdat ze geen voorbereiding van een objectglaasje vereisen. Hoewel hun vergroting relatief laag is, zijn ze nog steeds nuttig. Ze bieden een close-up, 3D-weergave van de oppervlaktestructuren van objecten, en ze stellen de operator in staat het object tijdens het bekijken te manipuleren. Stereomicroscopen worden gebruikt in biologische en medische wetenschapstoepassingen, evenals in de elektronische industrie, zoals door degenen die printplaten of horloges maken.
Confocale microscoop

In tegenstelling tot stereomicroscopen en samengestelde microscopen, die regelmatig licht gebruiken voor beeldvorming gebruikt de confocale microscoop een laserlicht om geverfde monsters te scannen. Deze monsters worden op dia's voorbereid en ingevoegd; vervolgens produceert het apparaat met behulp van een dichromatische spiegel een vergroot beeld op een computerscherm. Operators kunnen ook 3D-afbeeldingen maken door meerdere scans samen te stellen. Net als de samengestelde microscoop bieden deze microscopen een hoge vergrotingsgraad, maar hun resolutie is veel beter. Ze worden vaak gebruikt in celbiologie en medische toepassingen.
Scanning Electron Microscope (SEM)

De scanning elektronenmicroscoop, of SEM, gebruikt elektronen in plaats van licht voor beeldvorming. Monsters worden gescand in vacuüm- of bijna-vacuümomstandigheden, dus ze moeten speciaal worden voorbereid door eerst dehydratie te ondergaan en vervolgens te worden bedekt met een dunne laag van een geleidend materiaal, zoals goud. Nadat het item is voorbereid en in de kamer is geplaatst, produceert de SEM een 3D-afbeelding in zwart-wit op een computerscherm. SEM's bieden ruime controle over de hoeveelheid vergroting en worden door onderzoekers in de fysische, medische en biologische wetenschappen gebruikt om een reeks specimens van insecten tot botten te onderzoeken.
Transmission Electron Microscope (TEM)

Zoals de scannende elektronenmicroscoop, de transmissie-elektronenmicroscoop (TEM) gebruikt elektronen bij het maken van een vergroot beeld en monsters worden gescand in een vacuüm, dus ze moeten speciaal worden voorbereid. In tegenstelling tot de SEM gebruikt de TEM echter een diavoorbereiding om een 2D-weergave van specimens te verkrijgen, dus het is meer geschikt voor het bekijken van objecten met een zekere mate van transparantie. Een TEM biedt een hoge mate van vergroting en resolutie, waardoor het bruikbaar is in de fysische en biologische wetenschappen, metallurgie, nanotechnologie en forensische analyse.