Elektronenmicroscopen gebruiken geen straling in de traditionele zin, zoals röntgenfoto's of gammastralen. In plaats daarvan gebruiken ze een -straal van elektronen om het monster te verlichten.

Dit is waarom:

* elektronen hebben een veel kortere golflengte dan licht. Dit zorgt voor een veel hogere resolutie, waardoor we objecten op nanoschaalniveau kunnen zien.

* elektronen werken sterk op materie. Deze interactie zorgt voor het maken van afbeeldingen op basis van de verstrooiing of absorptie van elektronen door het monster.

Hoewel elektronenmicroscopen een straal van geladen deeltjes gebruiken, wordt het daarom niet beschouwd als "straling" in de typische zin. Het is echter belangrijk op te merken dat elektronenstralen schadelijk kunnen zijn , vooral bij hoge energieën, en veiligheidsmaatregelen moeten tijdens het bedrijf worden genomen.