Hoewel het waar is dat de enorme zwaartekracht van Jupiter de trajecten van Comets kan beïnvloeden, en dat de komeetschoenmaker-Levy 9 beroemd botste tegen Jupiter in 1994, passeerde Hale-Bopp relatief ver van de planeet. Het kwam binnen 1,3 astronomische eenheden (AU) van Jupiter in 1997, wat ongeveer de afstand tussen de zon en Mars is. Deze afstand wordt te ver beschouwd voor de zwaartekracht van Jupiter om het pad van de komeet aanzienlijk te veranderen of een botsing te veroorzaken.

De nauwe ontmoeting van Hale-Bopp met Jupiter veroorzaakte enkele veranderingen in zijn baan, maar het ging verder op zijn pad rond de zon en is nog steeds in het buitenste zonnestelsel.