Er is niet één specifieke kleurstof die wordt gebruikt voor alle microscoopglaasjes. De keuze van kleurstof is afhankelijk van het type monster dat wordt bekeken en de specifieke functies die moeten worden gemarkeerd.

Hier zijn enkele veel voorkomende kleurstoffen die in microscopie worden gebruikt:

* methyleenblauw: Een basale kleurstof die nucleïnezuren, cytoplasma en sommige bacteriën vlekt.

* Crystal Violet: Een basisverf die wordt gebruikt voor gramkleuring om onderscheid te maken tussen bacteriën.

* safranin: Een basiskleurstof die wordt gebruikt in gramkleuring als tegenkleuring.

* eosin: Een zure kleurstof die cytoplasma en extracellulaire structuren vlekt.

* hematoxyline: Een basiskleurstof die kernen en andere zure structuren vlekt.

* Sudan Black: Een kleurstof die wordt gebruikt om lipiden te bevlekken.

* Acridine Orange: Een fluorescerende kleurstof die nucleïnezuren vlekt.

Daarom is de "naam" van de kleurstof afhankelijk van de specifieke toepassing en het type microscopie dat wordt uitgevoerd.