1. Beperkt zonlicht: Zonlicht, de primaire energiebron voor de meeste ecosystemen, neemt snel af met diepte. De bodem van een diep meer ontvangt weinig tot geen zonlicht, waardoor fotosynthese onmogelijk is. Dit beperkt de soorten organismen die daar kunnen overleven.

2. Koude temperaturen: Watertemperaturen dalen met diepte. De bodem van een diep meer is vaak erg koud, wat de metabole organismen kan beperken en het voor hen moeilijk kan maken om te gedijen.

3. Lagere zuurstofniveaus: Fotosynthese, het proces dat zuurstof produceert, is beperkt op diepte vanwege gebrek aan zonlicht. Bovendien verbruikt de ontleding van organisch materiaal zuurstof. Als gevolg hiervan heeft de bodem van een diep meer vaak zeer lage zuurstofniveaus, die veel organismen niet kunnen verdragen.

4. Beperkte beschikbaarheid van voedsel: De primaire producenten (planten en algen) die de basis van de voedselketen vormen, vertrouwen op zonlicht voor energie. Omdat er weinig zonlicht onderaan is, is de voedselvoorziening voor consumenten beperkt.

5. Hoge druk: De druk neemt aanzienlijk toe met diepte. Dit kan een uitdaging zijn voor sommige organismen, met name die met met gas gevulde holten of delicate structuren.

6. Beperkte beschikbaarheid van voedingsstoffen: Hoewel sommige voedingsstoffen naar de bodem kunnen zinken, worden ze vaak beperkt door het ontbreken van door zonlicht aangedreven processen die ze terug in het ecosysteem fietsen.

7. Gespecialiseerde aanpassingen: Hoewel een paar organismen zich hebben aangepast aan de extreme omstandigheden aan de onderkant van diepe meren, kan de meerderheid niet overleven in dergelijke omgevingen. Deze aanpassingen kunnen bioluminescentie omvatten voor lichte productie, chemosynthese om energie te produceren zonder zonlicht en weerstand tegen hoge druk.

Over het algemeen creëert de combinatie van deze factoren een harde omgeving aan de bodem van diepe meren, wat leidt tot lagere biodiversiteit en bevolkingsdichtheid in vergelijking met de oppervlaktewateren.