Bodemvervuiling heeft vele oorzaken. Verontreinigingen kunnen direct worden geïntroduceerd. De bodem kan verontreinigd zijn door luchtvervuiling wanneer neerslag neerslaat, zoals zwaveldioxide en stikstofoxide. Menselijke activiteiten zoals mijnbouw kunnen zure drainage afgeven, wat grote gevolgen kan hebben. Wat de oorzaak ook is, bodemverontreiniging heeft negatieve effecten op planten en flora, evenals op de organismen die ervan afhankelijk zijn.
Micro-organismen

Zure bodems gecreëerd door afzetting van zure verbindingen zoals zwaveldioxide produceren een zure omgeving dat niet wordt getolereerd door micro-organismen, die de bodemstructuur verbeteren door organisch materiaal af te breken en te helpen bij de waterstroom.
Fotosynthese

Bodems die zijn vervuild door zure regen hebben invloed op planten door de bodemchemie te verstoren en het verminderen van het vermogen van planten om voedingsstoffen op te nemen en fotosynthese te ondergaan.
Aluminium

Hoewel aluminium van nature in het milieu voorkomt, kan bodemverontreiniging anorganische vormen mobiliseren, die zeer giftig zijn voor planten en mogelijk in de grond kunnen uitlogen water, waardoor hun effecten worden versterkt.
Algenbloei

Verontreinigde bodems met een hoog stikstof- en fosforgehalte kunnen in waterwegen uitlogen en algenbloei veroorzaken, wat resulteert in de dood van waterplanten als gevolg van uitputting ed opgeloste zuurstof.
pH

Zure depositie in de bodem kan het vermogen om veranderingen in de pH van de bodem te bufferen belemmeren, waardoor planten afsterven door onherbergzame omstandigheden.