Een ecosysteem is een verzameling van alle biologische en chemische eigenschappen die kenmerkend zijn voor een bepaalde ecologische gemeenschap. Een aquatisch ecosysteem ontleent zijn identiteit aan de wisselwerking tussen zijn waterige omgeving en de levende organismen die erin leven. De twee soorten aquatische ecosystemen zijn zoet water en marine, en het belangrijkste verschil is de saliniteitsconcentratie. Deze ecosystemen hebben echter verschillende kenmerken gemeen.

Water

De meest voor de hand liggende schakel tussen mariene en zoetwaterecosystemen is water, dat bijna 75 procent van het aardoppervlak beslaat. Vloeibaar water is het basisbestanddeel van zowel zoetwater als zout water in het water. Omdat water transparant is, kan waterplanten fytoplankton gedijen omdat het zonlicht de bovenste regionen kan binnendringen. Ook is water een polair molecuul dat zich leent voor waterstofbinding; op zijn beurt maakt dit van water een krachtig oplosmiddel voor de mineralen en voedingsstoffen die nodig zijn voor het leven.

Osmoregulatie

Het proces van regulering van de osmotische druk op vloeistoffen in een organisme is essentieel voor alle zoet- en zeewater soorten. Osmoregulatie helpt hen de concentratie van hun lichaamsvloeistoffen te regelen. Sommige vissen, zoals zalm, vertonen een opmerkelijke variabiliteit in de osmoregulatie van hun homeostase. Dit houdt in het handhaven van de juiste concentratie van opgeloste stoffen en water in hun lichaam.

Fytoplankton

Fytoplankton zijn algen die de bovenste lagen van de oceanen bevolken en zoetwaterlichamen waar de zon doordringt. Fytoplankton zijn de primaire producenten van de aquatische voedselketen, die hun energie verkrijgen door middel van fotosynthese en als gevolg daarvan veel van de zuurstof in de atmosfeer van de aarde produceren. Als basis van het aquatische voedselweb bieden ze een essentiële ecologische functie voor al het onderwaterleven in zee en zoet water.

Omgevingsproblemen

Het meest voorkomende probleem dat zowel zoetwater- als mariene ecosystemen aantast, is vervuiling, komen in de vorm van de uitstoot van bijproducten van menselijke activiteiten zoals afvalwater, landbouwafval, meststoffen en giftige of inerte chemicaliën die het leven in het water kunnen doden. Eutrofiëring, of plantovergroei, is het gevolg van de lozing van deze stoffen in het water. Deze materialen hebben allemaal een hoog stikstof- en fosforgehalte dat de exponentiële groei van zowel microscopische als macroscopische planten in het water bevordert. Uiteindelijk sterven de planten en stagneren het water. Het ontledingsproces vermindert dan de opgeloste zuurstof in het water, waardoor het onmogelijk wordt om het leven te ondersteunen.