De Filippijnen is een land dat rijk is aan biodiversiteit en endemisme, met veel natuurlijke hulpbronnen die bijdragen aan de economie en de lokale gemeenschappen. De kusten en kusthabitats zijn van bijzonder belang, met visserij, landbouw en industrie die allemaal afhankelijk zijn van de waterwegen en het mariene milieu van het land. Bedreigingen voor habitat- en biodiversiteitsverlies komen voort uit verschillende praktijken, waaronder landopruiming, niet-duurzame visserij en vervuiling.

Verlies van bosbedekking

Tussen 2000 en 2005 verloren de Filipijnen iets meer dan twee procent van de verliezen bosbedekking per jaar. Dit was het op een na hoogste percentage in Zuidoost-Azië. Vanaf 2005 werd gedacht dat slechts drie procent van het primaire bos bleef. Snelle ontbossing resulteert in verschillende bedreigingen voor het ecosysteem, waaronder verlies van biodiversiteit, bodemerosie, overstromingen, aardverschuivingen en verminderde waterkwaliteit. Bossen worden bedreigd door commerciële mijnbouw en houtkap.

Afbraak van koraalriffen

De Filipijnen zijn een mondiaal centrum voor de biodiversiteit van zeegebieden. Illegale verzameling en export van koralen en levende rifvissen heeft geresulteerd in aanzienlijke schadelijke gevolgen voor de biodiversiteit, koraalrifconditie, zeegrasbedekking en visaantallen. Slechts 5 procent van de riffen bewaart meer dan 75 procent levende koraalbedekking. Destructieve visserijmethoden omvatten overbevissing, trawlvisserij, dynamietvisserij en cyanidevisserij, waarbij cyanide wordt opgelost in water en in riffen wordt gespoten, terwijl andere bedreigingen worden veroorzaakt door vervuiling en erosie.

Bedreigingen voor mangroven

Bedreigingen voor mangroven zijn overbezinking, vervuiling en ruiming van land voor landbouw en menselijke nederzettingen. Garnalen kweken resulteert in bijna onomkeerbare en economisch kostbare schade aan het gebied, wat nog meer zorgen baart omdat garnalenkwekerijen na slechts drie tot vijf jaar onrendabel worden. Vernietiging van mangroven houdt ook verband met afbraak van koraalriffen, omdat riffen de mangroven beschermen tegen sterke golven en stromingen die het fijne sediment waarin mangroven groeien wegspoelen.

Verlies van biodiversiteit

De Filipijnen worden beschouwd als een megabiodiverse land. Het heeft veel unieke flora en fauna; in feite is bijna de helft van de terrestrische gewervelde dieren en tot 60 procent van de vaatplanten uniek voor het land. Het tempo van verlies aan biodiversiteit komt tot uiting in enkele schokkende bevindingen. Vanaf 2006 werd iets meer dan 20 procent van de gewervelde soorten beoordeeld als bedreigd door de Internationale Unie voor het behoud van de natuur. Ongeveer 127 vogelsoorten worden als bedreigd beschouwd en de inheemse Filippijnse kaketoe, eens wijdverbreid, wordt nu kritisch bedreigd.