1. Herkristallisatie: De mineralen in de originele gesteente (de protoliet) worden herschikt en vaak herkristalliseerd in nieuwe mineralen. Dit proces kan alle bestaande fossiele structuren vernietigen.

2. Vervorming en afschuiving: De immense druk kan ervoor zorgen dat rotsen vervormen en vouwen. Dit kan alle aanwezige fossielen verpletteren, vervormen of vernietigen.

3. Chemische reacties: De hoge temperaturen kunnen chemische reacties aandrijven die de samenstelling van het gesteente veranderen, het oplost of veranderen van het oorspronkelijke fossiele materiaal.

4. Oplossing: Sommige fossielen, vooral die gemaakt van calciumcarbonaat (zoals schelpen), kunnen worden opgelost door de vloeistoffen die door het metamorfe gesteente circuleren.

5. Minerale groei: Nieuwe mineralen kunnen in de rots groeien, waardoor het fossiele overblijfselen verder wordt verduisterd of vernietigd.

6. Foliation: Veel metamorfe rotsen ontwikkelen een gelaagde textuur (foliatie) vanwege de druk. Dit kan fossielen vervormen of breken.

Opmerking: Hoewel de intense omstandigheden van het metamorfisme over het algemeen fossiel behoud moeilijk maken, is het niet onmogelijk. Sommige fossielen kunnen overleven als ze dat zijn:

* gemaakt van resistent materiaal: Fossielen gemaakt van silica (zoals sommige radiolarians) of resistente mineralen zoals kwarts hebben meer kans om te overleven.

* beschermd door omringende rots: Als het fossiel is ingekapseld in een zeer harde of resistente laag rots, kan het worden afgeschermd van de meest intense metamorfe processen.

* gemetamorfoseerd op lagere cijfers: Bij lagere temperaturen en druk kunnen sommige fossielen overleven, vooral als ze al in duurzame rots zijn ingekapseld.

Over het algemeen is de vorming van metamorfe rotsen een zeer destructief proces voor fossielen. De mogelijkheid om gefossiliseerde overblijfselen in metamorfe rotsen te vinden, bestaat echter, hoewel het veel minder gebruikelijk is dan in sedimentaire rotsen.