Quartz komt in een breed scala aan kleuren, maar het is belangrijk op te merken dat de meeste kleuren afkomstig zijn van onzuiverheden of insluitsels in de kristalstructuur. Hier zijn enkele van de meest voorkomende kleuren en hun oorzaken:

helder of wit: Pure kwarts, zonder onzuiverheden, is kleurloos en transparant. Dit wordt soms 'Rock Crystal' genoemd.

roze: Pink kwarts haalt zijn kleur van sporenhoeveelheden mangaan.

paars: Paarse kwarts, ook bekend als Amethist, haalt zijn kleur uit sporenhoeveelheden ijzer.

geel: Geel kwarts, ook bekend als citrine, haalt zijn kleur uit sporenhoeveelheden ijzer. Het kan ook worden gecreëerd door amethist te behandelen.

Brown: Brown Quartz, ook bekend als Smoky Quartz, haalt zijn kleur uit sporen van aluminium.

grijs: Grijze kwarts kan worden veroorzaakt door verschillende onzuiverheden, waaronder ijzer, titanium of mangaan.

groen: Green Quartz, ook bekend als prasioliet of groene amethist, haalt zijn kleur uit sporenhoeveelheden ijzer.

zwart: Black Quartz, ook bekend als Morion, haalt zijn kleur uit sporenhoeveelheden aluminium en andere onzuiverheden.

Andere kleuren: Quartz kan ook worden gevonden in andere kleuren, zoals blauw (vaak vanwege insluitsels van blauwe vezels), sinaasappel of rood (van insluitsels of warmtebehandeling).

Het is belangrijk op te merken dat de kleur van kwarts sterk kan variëren, afhankelijk van de aanwezige specifieke onzuiverheden en hun concentraties. Sommige soorten kwarts, zoals amethist en citrien, kunnen ook kunstmatig worden gekleurd door warmtebehandeling.