Het doel van het menselijke spijsverteringsstelsel is om grotere voedselmoleculen op te splitsen in kleinere moleculen die de cellen van het lichaam kunnen gebruiken. Koolhydraten, vetten en eiwitten worden afgebroken door specifieke spijsverteringsenzymen en op specifieke locaties van het spijsverteringsstelsel. Pepsine bevindt zich in de maag en speelt een belangrijke rol bij de afbraak van eiwitten. De vertering van eiwitten door pepsine is niet compleet en spijsverteringsenzymen in de dunne darm maken het afbreken van voedseleiwitten.
De maag speelt een belangrijke rol bij de spijsvertering

De maag is een zakachtig orgaan Het kan tot 2 liter (ongeveer 1/2 gallon) voedsel en vloeistof bevatten. Wanneer voedsel de maag binnendringt, karnnen de sterke spieren van de maagwanden het voedsel en mengen het met maagsap om "chyme" te produceren. Maagsap bevat slijm, zoutzuur en het hormoon gastrine, en stimuleert de secretie van pepsinogeen, het voorloper-enzym van pepsine.
Pepsine wordt gegenereerd uit Pepsinogeen

Proeven, ruiken, zien of gewoon nadenken over voedsel kan veroorzaken dat maagklieren in de maag maagsap afscheiden. Het zoutzuur in het maagsap zet pepsinogeen om in pepsine door een stuk aminozuren af te splitsen dat een peptide wordt genoemd. Deze reactie vereist een zeer zure pH, variërend van 1 tot 3. De zure omgeving is nodig voor het genereren en de activiteit van pepsine. Het zoutzuur in de maag geeft in het algemeen een pH van ongeveer 1,5 tot 3,5.
Pepsine breekt voedseleiwitten af

Het zuur in de maag zorgt ervoor dat voedseleiwitten zich ontvouwen in een proces dat denaturatie wordt genoemd. Denaturatie legt de moleculaire bindingen van het eiwit bloot, zodat pepsine er toegang toe heeft en de eiwitten in kleinere fragmenten kan breken, peptiden of polypeptiden genoemd. De dunne darm blijft eiwitten afbreken door de peptiden in aminozuren te hakken, die gemakkelijk in de bloedstroom kunnen worden opgenomen. Pepsine verteert enkele uren eiwitten voordat de gedeeltelijk verteerde voedselmix langzaam wordt overgebracht naar de dunne darm.
Pepsine speelt rol in zweren

Slijm in de maag beschermt de maagwand tegen mogelijke schade door zoutzuur en pepsine. Maagzweren zijn pijnlijke zweren die kunnen optreden wanneer de maagwand beschadigd is. Een bacterie genaamd Helicobacter pylori kan in een zure omgeving leven en wordt verondersteld de secretie van beschermend slijm te voorkomen, waardoor pepsine gaten in de maagwanden kan maken. Antacida werken door de pH in de maag te verhogen en pepsine te inactiveren, omdat pepsine alleen bij lage pH werkt. Langdurig gebruik van maagzuurremmers is niet aan te raden, omdat de remming van pepsine een adequate vertering van eiwitten voorkomt. Absorptie van onvolledig verteerde eiwitfragmenten kan allergieën en andere gezondheidsproblemen veroorzaken.