Tijdens de elektronentransportketen worden hoogenergetische elektronen langs een reeks eiwitcomplexen geleid, waarbij energie vrijkomt die wordt gebruikt om protonen door het binnenste mitochondriale membraan te pompen. Hierdoor ontstaat een protonengradiënt, die de synthese van adenosinetrifosfaat (ATP), de universele energievaluta van cellen, aandrijft.

De elektronentransportketen is zeer efficiënt in het genereren van ATP en kan tot 34 moleculen ATP produceren voor elk molecuul glucose dat wordt afgebroken tijdens cellulaire ademhaling. Deze energierijke ATP kan vervolgens door de spieren van de eekhoorn worden gebruikt om zijn ontsnapping te versnellen, waardoor de nodige energie wordt geleverd voor snelle bewegingen en snelle uitbarstingen van snelheid.