De intermoleculaire binding van methanol is waterstofbinding. Waterstofbinding is een dipool-dipool-interactie die plaatsvindt tussen een waterstofatoom dat is gebonden aan een zeer elektronegatief atoom (zoals zuurstof, stikstof of fluor) en een ander elektronegatief atoom. In het geval van methanol is het waterstofatoom van de hydroxylgroep gebonden aan het sterk elektronegatieve zuurstofatoom, waardoor een gedeeltelijk positieve lading op het waterstofatoom ontstaat. Deze gedeeltelijk positieve lading kan vervolgens een interactie aangaan met de gedeeltelijk negatieve lading op een ander zuurstofatoom in een nabijgelegen methanolmolecuul, waardoor een waterstofbrug ontstaat.