De massa van een molecuul wordt uitgedrukt in atomaire massa-eenheden (amu) of Daltons (Da), die ongeveer gelijk zijn. Eén amu wordt gedefinieerd als 1/12 van de massa van een koolstof-12-atoom.

Een watermolecuul bestaat uit twee waterstofatomen en één zuurstofatoom. De atoommassa van waterstof is ongeveer 1 amu, en de atoommassa van zuurstof is ongeveer 16 amu.

Daarom is de massa van een watermolecuul ongeveer 18 amu.

In wetenschappelijke notatie is de massa van een watermolecuul ongeveer 2,99 x 10^-23 gram.