Eén ding dat de vorm van een molecuul kan beïnvloeden, is de polariteit ervan. Polariteit verwijst naar de verdeling van elektrische lading binnen een molecuul. Een molecuul is polair als het een positief uiteinde en een negatief uiteinde heeft. De vorm van een molecuul kan bepalen of het polair is of niet. Een lineair molecuul, zoals kooldioxide, is bijvoorbeeld niet-polair omdat de positieve en negatieve ladingen gelijkmatig door het molecuul zijn verdeeld. Een gebogen molecuul, zoals water, is echter polair omdat het zuurstofatoom elektronegatiever is dan de waterstofatomen, waardoor het molecuul een positief uiteinde en een negatief uiteinde heeft.