Kühne, een Duitse fysioloog, bestudeerde de vertering van eiwitten door het maagenzym pepsine. Oorspronkelijk gebruikte hij de term 'ferment' om deze stoffen te beschrijven, maar hij veranderde deze later in 'enzym' om het te onderscheiden van andere soorten fermenten.

Het woord ‘enzym’ komt van het Griekse woord ‘en zyme’, wat ‘in zuurdesem’ betekent. Dit weerspiegelt het feit dat enzymen biologische katalysatoren zijn die chemische reacties in levende organismen versnellen.