* Ze hebben een ander energieproductiesysteem: Bacteriën hebben hun eigen energieproducerende systeem, het plasmamembraan . Dit membraan bevat enzymen en eiwitten die cellulaire ademhaling uitvoeren en fotosynthese (in fotosynthetische bacteriën). Dit proces produceert rechtstreeks ATP (adenosinetrifosfaat), de energievaluta van de cel, zonder dat er mitochondriën nodig zijn.

* Evolutionaire oorsprong: Er wordt aangenomen dat mitochondriën afkomstig zijn van endosymbiose – een proces waarbij een vrijlevende bacterie werd overspoeld door een grotere cel en uiteindelijk een permanente verblijfplaats werd. Dit is de reden waarom mitochondriën hun eigen DNA hebben en zich onafhankelijk repliceren. Bacteriën, die de oorspronkelijke prokaryotische voorouders waren, ondergingen deze gebeurtenis niet.

* Structurele verschillen: Bacteriële cellen hebben een eenvoudiger structuur vergeleken met eukaryotische cellen. Ze missen een echte kern, endoplasmatisch reticulum, Golgi-apparaat en andere complexe organellen die in eukaryoten worden aangetroffen.

Samengevat: Bacteriële cellen hebben geen mitochondriën nodig omdat ze hun eigen mechanisme voor energieproductie hebben, en ze evolueerden vóór de ontwikkeling van mitochondriën door endosymbiose.