1. Voorbereiding van het monster: Elektronenmicroscopie vereist uitgebreide monsterbereiding. Micro -organismen moeten zorgvuldig worden gefixeerd, uitgedroogd en vaak bedekt met een dunne laag metaal. Dit proces kan tijdrovend, technisch uitdagend zijn en mogelijk de natuurlijke structuur van het organisme vervormen.

2. beperkt tot dode specimens: Elektronenmicroscopie maakt gebruik van hoge energie-elektronenstralen die biologische monsters kunnen beschadigen. Daarom is het alleen geschikt om dode of bewaarde micro -organismen te bekijken. Dit maakt het onmogelijk om de dynamische processen die zich in levende cellen voordoen te bestuderen.

3. Kosten en complexiteit: Elektronenmicroscopen zijn dure apparatuur die gespecialiseerde training en expertise vereisen om te werken. Dit beperkt hun toegankelijkheid voor onderzoekers en instellingen met voldoende middelen.