Linnaeus, de vader van taxonomie, vertrouwde op een classificatiesysteem op basis van gedeelde fysieke kenmerken , met name gericht op morfologische eigenschappen , die de waarneembare kenmerken van het lichaam van een organisme zijn. Hij richtte een hiërarchisch systeem op en gebruikte deze eigenschappen om organismen in steeds specifieke categorieën te groeperen:

* koninkrijk: De breedste categorie, die alle levende wezens omvat (Linnaeus had oorspronkelijk twee:planten en dieren).

* phylum: Groeperende organismen op basis van belangrijke kenmerken van het lichaamsplan.

* klasse: Groepenorganismen met verdere gedeelde fysieke eigenschappen binnen hetzelfde phylum.

* Bestel: Groeperende organismen met nog meer specifieke gedeelde kenmerken.

* familie: Groeperende organismen met nauwe overeenkomsten in morfologie.

* geslacht: Een groep nauw verwante soorten.

* soorten: Het meest specifieke niveau, groeperingsorganismen die kunnen kruisen en vruchtbare nakomelingen kunnen produceren.

Hier zijn enkele voorbeelden van de eigenschappen die Linnaeus wordt overwogen:

* Aantal lichaamssegmenten: Insecten hebben gesegmenteerde lichamen, terwijl zoogdieren dat niet doen.

* aanwezigheid of afwezigheid van vleugels: Vogels en insecten hebben vleugels, zoogdieren niet.

* Type reproductief systeem: Zoogdieren bevallen om jong te leven, terwijl reptielen eieren leggen.

* Type bloedsomloop: Vogels hebben een hart met vier kamers, terwijl amfibieën een hart met drie kamers hebben.

* Type aanhangsels: Vissen hebben vinnen, terwijl reptielen benen hebben.

* Type dekking: Zoogdieren hebben bont, terwijl vogels veren hebben.

Terwijl het systeem van Linnaeus een revolutie teweegbracht in de taxonomie, had het zijn beperkingen:

* Focus op morfologie: Het was geen rekening gehouden met evolutionaire relaties, die in zijn tijd onbekend waren.

* willekeurige aard: Sommige eigenschappen die voor classificatie werden gebruikt, waren niet noodzakelijkerwijs een indicatie van evolutionaire relaties.

Moderne taxonomie, voortbouwend op het werk van Linnaeus, gebruikt nu een combinatie van morfologische, genetische en evolutionaire gegevens om organismen nauwkeuriger te classificeren.