* DNA -sondes werken door hybridisatie: Ze binden aan complementaire sequenties in een doel -DNA -molecuul.

* specificiteit komt van basisparen: De vier nucleotidebasen (adenine, thymine, guanine, cytosine) paar specifiek (a met t, g met c).

* unieke sequenties: Elke DNA -sonde is ontworpen om een sequentie te hebben die overeenkomt met een uniek gebied van het doel -DNA.

Zie het als een slot en sleutel:

* De DNA -sonde is de sleutel en het doel -DNA is het slot.

* De specifieke volgorde van de sonde is de vorm van de sleutel, en alleen een bijpassende sequentie op het doel -DNA kan het binden.

Andere factoren kunnen de sterkte van binding beïnvloeden, maar de primaire determinant van specificiteit is de sequentie van de sonde.