Soorten RNA -polymerasen en hun promoters

RNA -polymerasen zijn enzymen die verantwoordelijk zijn voor het transcriberen van DNA naar RNA. Verschillende soorten RNA -polymerasen bestaan in eukaryoten en prokaryoten, elk met zijn specifieke functies en promotorherkenningssequenties.

prokaryoten:

* RNA -polymerase (RNAP) :De enkele RNA -polymerase in prokaryoten transcribeert alle soorten RNA (mRNA, tRNA, rRNA).

* Promotorstructuur:

* -10 element (pribnow box): Tataat -sequentie bevindt zich ongeveer 10 basenparen stroomopwaarts van de transcriptie startplaats.

* -35 element: TTGACA -sequentie bevindt zich ongeveer 35 basisparen stroomopwaarts vanaf de startplaats van de transcriptie.

* Upstream -elementen: Sommige promotors hebben extra elementen verder stroomopwaarts, die de transcriptie -efficiëntie beïnvloeden.

eukaryotes:

* RNA -polymerase I (Pol I): Verantwoordelijk voor het transcriberen van ribosomaal RNA (rRNA) -genen.

* Promotorstructuur:

* kernpromotor: Een regio met een kernelement en een stroomopwaarts controlelement (UCE).

* kernelement: Een korte volgorde van ongeveer 40 bp stroomopwaarts van de startplaats van de transcriptie.

* uce: Een gebied dat ongeveer 100 bp stroomopwaarts van de transcriptiestartlocatie is gelegen, die vaak een geconserveerde volgorde bevat genaamd het "Upstream Element" (UE).

* RNA -polymerase II (POL II): Transcribeert eiwitcoderende genen (mRNA) en enkele kleine nucleaire RNA (SNRNA) -genen.

* Promotorstructuur:

* kernpromotor: Bevat meestal de volgende elementen:

* tata -box: Een geconserveerde volgorde is ongeveer 25-30 bp stroomopwaarts van de startplaats van de transcriptie.

* initiator (INR): Een reeks rond de startplaats van de transcriptie.

* stroomafwaarts promoter -element (DPE): Stroomafwaarts van de startplaats van de transcriptie.

* BRE (TFIIB herkenningselement): Een reeks stroomopwaarts van de Tata -box, herkend door transcriptiefactor IIB (TFIIB).

* Upstream regulerende elementen: Deze elementen kunnen honderden of zelfs duizenden basenparen stroomopwaarts van de kernpromotor worden gelokaliseerd en de snelheid van transcriptie beïnvloeden. Voorbeelden zijn:

* CAAT Box: Een consensussequentie die transcriptiefactoren bindt.

* GC Box: Een GC-rijke volgorde herkend door transcriptiefactoren.

* versterkers: DNA -sequenties die de transcriptie kunnen stimuleren, vaak ver van de kernpromotor.

* RNA -polymerase III (Pol III): Transcribeert overdracht RNA (tRNA), 5S ribosomaal RNA (5S rRNA) en enkele kleine nucleair RNA (SnRNA) -genen.

* Promotorstructuur:

* Interne promotor: Gelegen binnen het getranscribeerde gebied voor tRNA en 5S rRNA -genen.

* Upstream -promotor: Stroomopwaarts van het getranscribeerde gebied gelegen voor sommige SNRNA -genen.

Samenvatting Tabel:

| RNA -polymerase | Transcripties | Promotors |

| --- | --- | --- |

| Prokaryotische RNAP | mRNA, tRNA, rRNA | -10 -element, -35 element, stroomopwaartse elementen |

| Eukaryotic pol i | rRNA | Core Promoter, UCE |

| Eukaryotic Pol II | mRNA, wat snrna | Core Promoter (Tata Box, INR, DPE, BRE), Upstream Regulatory Elements |

| Eukaryotic Pol III | TRNA, 5S rRNA, wat snrna | Interne promotor (voor tRNA, 5S rRNA), stroomopwaartse promoter (voor sommige snRNA) |

Deze tabel is niet uitputtend, omdat verschillende soorten promotors en hun regelgevingselementen binnen elke groep bestaan. De specifieke sequenties en structuren van promotors kunnen variëren, waardoor de efficiëntie en regulering van transcriptie beïnvloedt.