Hij deed deze ontdekking in 1665 terwijl hij een dun plak kurk onder een microscoop observeerde. Hij zag kleine, doosachtige compartimenten die hem aan de cellen van een klooster deden denken. Hij noemde deze compartimenten "cellen" vanwege hun gelijkenis met deze kamers.

Het is belangrijk op te merken dat Hooke geen levende cellen zag. Hij keek naar de lege celwanden van dode plantencellen in het kurkweefsel. Zijn ontdekking maakte echter de weg vrij voor verder onderzoek naar de structuur van levende organismen.