1. Suikermolecuul: DNA bevat deoxyribosesuiker, terwijl RNA ribosesuiker bevat. Het verschil ligt in aanwezigheid van een extra hydroxylgroep (-oH) op de 2 'koolstof van ribose, waardoor RNA reactiever en minder stabieler is dan DNA.

2. stikstofbases: Zowel DNA als RNA hebben adenine (A), guanine (G) en cytosine (C). DNA heeft echter thymine (T), terwijl RNA uracil (u) op zijn plaats heeft. Dit verschil in basissamenstelling beïnvloedt de structuur en functie van de nucleïnezuren.

3. Structuur: DNA bestaat meestal als een dubbele helix, met twee strengen met elkaar verweven. RNA daarentegen bestaat meestal als een enkele streng, hoewel het in complexe structuren kan worden gevouwen. Met deze enkelstrengige aard kan RNA een verscheidenheid aan rollen uitvoeren in eiwitsynthese en regulatie.