Het percentage agarose in een gel bepaalt zijn poriegrootte . Deze poriegrootte beïnvloedt direct hoe DNA -fragmenten worden gescheiden door elektroforese. Dit is de reden waarom een ​​wetenschapper een hoger of lager percentage kan kiezen:

hoger percentage agarose (bijvoorbeeld 1-2%):

* Kleinere poriegrootte: Dit zorgt voor een betere scheiding van kleinere DNA -fragmenten . De gel werkt als een zeef, die langer kleinere fragmenten vangt, waardoor ze langzamer migreren.

* gebruikt voor:

* Analyse van DNA -fragmenten minder dan 1000 basenparen (BP)

* Scheiding met hoge resolutie van kleine fragmenten

* Beperkingsfragmentlengte polymorfisme (RFLP) analyse

Lager percentage agarose (bijvoorbeeld 0,5-0,8%):

* grotere poriegrootte: Dit zorgt voor snellere migratie van grotere DNA -fragmenten .

* gebruikt voor:

* Scheiden van grotere DNA -fragmenten (meer dan 1000 bp)

* Analyse van genomisch DNA

* Pulsed-field gel-elektroforese (PFGE) voor zeer grote DNA-moleculen

Belangrijkste overwegingen:

* Fragmentgrootte: De grootte van de DNA -fragmenten die u probeert te scheiden, is de primaire factor bij het bepalen van het gelpercentage.

* resolutie: Hogere percentage -gels bieden een hogere resolutie voor het scheiden van kleine fragmenten, terwijl lagere percentage gels beter zijn voor het scheiden van grote fragmenten.

* Migratietijd: Hogere percentage gels vertragen de migratie en vereisen langere tijden. Lagere percentage gels zorgen voor snellere migratie.

Voorbeeld:

Als u de producten analyseert van een restrictie -enzymrigest met fragmenten variërend van 500 tot 1000 bp, zou u waarschijnlijk een agarosegel van 1% kiezen. Als u genomisch DNA zou analyseren met fragmenten variërend van 50.000 tot 100.000 bp, zou een 0,7% agarosegel beter geschikt zijn.