Prokaryotische cellen variëren in grootte, maar zijn doorgaans veel kleiner dan eukaryotische cellen. De gemiddelde prokaryote cel is ongeveer 1-10 micrometer (μm) lang en 0,5-2 µm breed. Ter vergelijking:de gemiddelde eukaryotische cel is ongeveer 10-100 µm lang en 10-100 µm breed.

Enkele van de grootste prokaryote cellen worden aangetroffen in het bacteriële geslacht Epulopiscium, dat lengtes tot 750 µm kan bereiken. De kleinste prokaryote cellen worden gevonden in het archaeale geslacht Nanoarchaeum, dat een diameter kan hebben van slechts 0,1 µm.