Eukaryoten worden niet geclassificeerd als afzonderlijk van prokaryoten wanneer ze kolonies van prokaryoten vormen. Eukaryoten en prokaryoten zijn twee verschillende levensdomeinen, gekenmerkt door fundamenteel verschillende celstructuren en evolutionaire geschiedenissen. Prokaryoten zijn eencellige organismen die geen membraangebonden kern en andere membraangebonden organellen hebben. Eukaryoten omvatten daarentegen alle organismen met membraangebonden kernen en organellen, en omvatten een breed scala aan organismen, van protisten tot dieren, planten en schimmels.

Wanneer meerdere prokaryotische cellen dicht bij elkaar bestaan ​​of koloniale arrangementen vormen, vormen ze geen eukaryotische cellen en ook geen eukaryoten. Deze kolonies of aggregaten van prokaryotische cellen vallen nog steeds onder het prokaryotische domein, omdat ze de structurele en genetische kenmerken behouden die kenmerkend zijn voor prokaryoten. Omgekeerd zijn eukaryote cellen verschillend en verschillend van prokaryotische kolonies in termen van cellulaire complexiteit, cellulaire componenten en evolutionaire oorsprong.