Onderzoekers van de Universiteit van Californië, San Diego hebben een online portal ontwikkeld met de naam ORION (Oligo-Ribo targetINg) waarmee gebruikers kunnen onderzoeken hoe vooroordelen in RNA-sequenties de genexpressie beïnvloeden. Het hulpmiddel zou wetenschappers kunnen helpen beter te begrijpen hoe verschillende factoren, zoals mutaties of veranderingen in omgevingsomstandigheden, genexpressie kunnen veranderen en kunnen bijdragen aan ziekten.

RNA-sequencing is een veelgebruikte techniek in de moleculaire biologie waarmee onderzoekers de expressieniveaus van genen in een biologisch monster kunnen profileren. De nauwkeurige interpretatie van RNA-seq-gegevens kan echter een uitdaging zijn vanwege verschillende vooroordelen die tijdens het proces kunnen ontstaan.

Deze vooroordelen kunnen voortkomen uit de inherente kenmerken van RNA-moleculen, zoals hun sequentiesamenstelling en chemische modificaties, maar ook uit technische factoren die verband houden met de voorbereiding van de bibliotheek en de sequencing-methodologieën. Als gevolg hiervan kunnen bepaalde RNA-sequenties bij voorkeur worden geamplificeerd of onderdrukt tijdens het RNA-seq-proces, wat leidt tot onnauwkeurige metingen van genexpressie.

Om dit probleem aan te pakken, hebben onderzoekers van UC San Diego ORION ontwikkeld, een online platform dat gegevens uit meerdere bronnen integreert om een ​​uitgebreid inzicht te krijgen in de vooroordelen in RNA-sequenties. Met de tool kunnen gebruikers de potentiële effecten van deze vooroordelen op genexpressiepatronen onderzoeken en regio's van de RNA-sequentie identificeren die bijzonder gevoelig zijn voor deze vooroordelen.

De onderzoekers hebben het nut van ORION aangetoond door RNA-seq-gegevens van zowel gezonde cellen als kankercellen te analyseren. Ze ontdekten dat ORION effectief regio's van de RNA-sequentie kon identificeren die vertekend waren als gevolg van mutaties of veranderingen in omgevingsomstandigheden, waardoor een nauwkeurigere interpretatie van de RNA-seq-gegevens mogelijk werd.

Bovendien kan ORION onderzoekers helpen hun RNA-seq-experimenteel ontwerp te optimaliseren door RNA-sequentiegebieden voor te stellen die minder snel worden beïnvloed door vooroordelen, wat leidt tot betrouwbaardere en reproduceerbare genexpressiemetingen.

Over het geheel genomen biedt het ORION-portaal een waardevolle hulpbron voor onderzoekers die genexpressie bestuderen met behulp van RNA-seq. De tool draagt ​​bij aan het vergroten van ons begrip van de impact van RNA-sequentievooroordelen en maakt een nauwkeurigere en betrouwbaardere analyse van RNA-seq-gegevens mogelijk.