Wetenschap
Het gebruik van het referentiegenoom van de soort zelf is optimaal voor SNP-aanroepen, zo blijkt uit onderzoek
Met de komst van de volgende generatie sequencingtechnologieën is restrictieplaatsgeassocieerde DNA-sequencing (RAD-seq) een reguliere methode geworden voor het snel verkrijgen van hogedichtheidssingle-nucleotidepolymorfismen (SNP's) in organismen vanwege de onafhankelijkheid ervan van referentiegenomen. Er zijn echter maar weinig onderzoeken die de impact onderzoeken van het gebruik van nauw verwante soorten als referentiegenomen versus het gebruik van de soort zelf als referentiegenoom.
In een onderzoek gepubliceerd in Plant Science evalueerden onderzoekers van de Xishuangbanna Tropical Botanical Garden (XTBG) van de Chinese Academie van Wetenschappen de voordelen en beperkingen van beide op referenties gebaseerde benaderingen, waarbij ze een nauw verwante soort als referentiegenoom gebruikten versus de soort zelf als referentiegenoom.
P>Met behulp van de bio-informaticasoftware STACKS onderzochten de onderzoekers het effect van het gebruik van verschillende referentiegenomen op SNP-oproepen. Ze gebruikten RAD-seq-gegevens van 242 individuen van Engelhardia roxburghiana, een tropische boom uit de walnotenfamilie (Juglandaceae). Ze concentreerden zich op twee verschillende referentiegenomen:het gebruik van een nauw verwante soort (d.w.z. Pterocarya stenoptera) als referentiegenoom, en het gebruik van de soort zelf (d.w.z. Engelhardia roxburghiana) als het referentiegenoom.
Ze vonden een significant verschil in het aantal verkregen SNP's tussen het gebruik van de soort zelf als referentiegenoom en het gebruik van een nauw verwante soort als referentiegenoom, waarbij de eerste aanzienlijk meer SNP's produceerde dan de laatste.
"Dit resultaat geeft aan dat het kiezen van de soort zelf als referentiegenoom de optimale oplossing is voor SNP-aanroepen", zegt Li Jie van XTBG.
De onderzoekers suggereren dat referentiegenomen van nauw verwante soorten kunnen worden gebruikt als de soort zelf niet als referentie beschikbaar is. Het wordt aanbevolen om het gebruik van soorten met een verre fylogenetische verwantschap te vermijden.
"Onze studie draagt bij aan het verrijken van het begrip van de impact van SNP-verwerving bij het gebruik van verschillende referentiegenomen", zegt Meng Honghu, corresponderende auteur van de studie.