De Mississippi-rivier herbergt een verscheidenheid aan waterplanten en dieren in een complex, onderling verbonden ecosysteem. Waterplanten bieden voedsel en onderdak aan veel verschillende soorten in de rivier, en kunnen zo klein zijn als de eencellige algen. De Mississippi-rivier heeft een scala aan dieren, van ongewervelde dieren tot vissen, kikkers en anderen.
Algen

Volgens het Iowa Department of Natural Resources, spelen de Mississippi twee belangrijke soorten algen: groen en blauw groen. Groene algen zijn de biologische basiscomponent van elk gezond ecosysteem; ze creëren grote kolonies die het water een groenachtige tint kunnen geven. Blauwgroene algen zijn minder wenselijk en worden beschouwd als een hinderlijke alg. Ze worden geassocieerd met gestresste ecosystemen en kunnen onaangename smaken in vissen veroorzaken of hele populaties doden.
Eendekroos

Deze gemeenschappelijke vrij zwevende plant heeft een enkel klein blad en wortels die in het water bungelen om voedingsstoffen op te zuigen . Zoals de naam al aangeeft, is kroos een belangrijke voedselbron voor veel watervogels.
Waterlelies

Witte waterlelies zijn een veel voorkomende plek in de rivier de Mississippi en bestaan uit grote, zwevende bladeren met een leerachtige textuur. Ze produceren grote witte bloemen bovenop de bladeren en zijn geworteld in de modder hieronder.
Rivierkreeft

Ook wel langoesten of crawdads genoemd, deze schaaldieren lijken op kleine kreeften. Ze zijn voornamelijk bodemvoeders en consumeren leavings van andere dieren, aas en kleine dieren. Zowel inheemse als invasieve rivierkreeften leven in de rivier de Mississippi.
Meerval

Kanaalmeervallen zijn een veel voorkomend gezicht in de rivier de Mississippi. Ze zijn de meest verschillende soorten meervallen. Deze vissen kunnen tot verrassende afmetingen groeien en blijven voornamelijk op de rivierbodem. Ze zijn opmerkelijk vanwege hun neiging om veel verschillende soorten aas te slaan, maar ze moeten zelden worden gegeten vanwege het gevaar van PCB-besmetting (polychloorbifenyl).
Leopard Frog

Deze gevlekte kikkers worden ook genoemd weide kikkers. Ze leven in en rond de rivier de Mississippi. Ze dienen vaak als een milieu-indicator soort vanwege hun gevoeligheid voor verontreinigende stoffen en verontreinigende stoffen. Ze brengen het grootste deel van hun tijd door langs de randen van beken en andere waterlichamen, en eten meestal insecten, geleedpotigen en andere ongewervelde dieren.