Grote mineralen:

* dolomite (Camg (CO3) 2): Dit mineraal is een veel voorkomende onzuiverheid in kalksteen en kalksteen met een hoog dolomietgehalte worden dolomitische kalkstenen genoemd.

* siderite (feco3): Dit ijzercarbonaatmineraal kan kalksteen een geelachtige of bruine kleur geven.

* kwarts (SiO2): Dit is een veel voorkomend mineraal in sedimentaire rotsen, en het kan in kalksteen worden gevonden als zandkorrels of als onderdeel van de rotsmatrix.

* Clay Minerals: Deze mineralen kunnen in kalksteen aanwezig zijn als gevolg van verwering of afzetting.

* Organisch materiaal: Fossiele fragmenten en andere organische stoffen zijn te vinden in kalksteen, vooral bij biogene kalkstenen gevormd door de accumulatie van mariene organismen.

Kleine mineralen:

* pyriet (FES2): Dit mineraal geeft kalksteen een metalen glans en kan worden gevonden als kleine kristallen of als verspreide korrels.

* calcite (caco3): Hoewel het hoofdbestanddeel van kalksteen, kan calciet ook bestaan ​​in verschillende kristalvormen en kan hij bijdragen aan het algemene uiterlijk van de rots.

* gips (CASO4 · 2H2O): Dit mineraal kan aanwezig zijn in kalksteen als gevolg van verdamping van zeewater of grondwater.

* fluorite (caf2): Dit mineraal is relatief zeldzaam in kalksteen, maar het kan worden gevonden als kleine kristallen of als verspreide korrels.

De specifieke minerale samenstelling van een kalksteen zal variëren, afhankelijk van de oorsprong van de rots, de omgevingscondities waaronder deze werd gevormd en de daaropvolgende geologische processen die het heeft ervaren.