Fysieke modellen kunnen moeilijk te maken zijn, vooral voor complexe systemen. Ze kunnen ook duur en tijdrovend zijn om te bouwen en te onderhouden. Fysieke modellen zijn mogelijk ook niet in staat om alle aspecten van een systeem nauwkeurig weer te geven, omdat sommige elementen mogelijk te klein of te complex zijn om nauwkeurig te modelleren. Bovendien kunnen fysieke modellen moeilijk te wijzigen of bij te werken zijn, omdat ze vaak vastliggen en niet gemakkelijk kunnen worden aangepast. Dit kan het moeilijk maken om veranderingen in het gemodelleerde systeem bij te houden. Bovendien kunnen fysieke modellen moeilijk te vervoeren en op te slaan zijn, omdat ze omvangrijk en zwaar kunnen zijn.