Wanneer in water wordt geplaatst, zal een aminozuur:

* ioniseren: De carboxylgroep verliest een proton (H+) en wordt negatief geladen (COO-), terwijl de aminogroep een proton krijgt en positief opgeladen wordt (NH3+). Dit komt omdat de carboxylgroep zuur is en de aminogroep eenvoudig is.

* Gedragen als een zwitterion: Een zwitterion is een molecuul dat zowel een positieve als negatieve lading heeft. Vanwege zijn dubbele ladingen kan het aminozuur interageren met zowel polaire als niet-polaire moleculen in water.

* Vorm waterstofbruggen: De geladen groepen op het aminozuur kunnen waterstofbruggen vormen met de watermoleculen, waardoor het oplosbaar is.

Over het algemeen zal een aminozuur dat in water wordt geplaatst, als een zwitterion fungeert , oplosbaar en in staat om te communiceren met zowel polaire als niet-polaire omgevingen.