* elektronegativiteit: Halogenen zijn veel elektronegatiefer dan waterstof. Dit betekent dat ze elektronen sterker aantrekken, wat leidt tot een verandering in de elektronenverdeling in het molecuul.

* Bindlengte en hoek: Halogeenatomen zijn groter dan waterstofatomen. Dit resulteert in langere bindingen en mogelijk veranderde bindingshoeken, die de totale vorm van het molecuul beïnvloeden.

* eenzame paren: Halogeenatomen hebben meer eenzame paren elektronen dan waterstof. Deze alleenstaande paren kunnen bindingsparen afstoten, die bindingshoeken en moleculaire geometrie verder beïnvloeden.

Voorbeelden:

* methaan (CH4) versus chloormethaan (CH3CL): Methaan is tetraëdrisch met alle bindingshoeken op 109,5 °. Wanneer een waterstof wordt vervangen door chloor, wordt het molecuul enigszins vervormd vanwege het elektronegativiteitsverschil en de grotere grootte van chloor. De bindingshoek tussen de koolstof en het chlooratoom zal iets minder zijn dan 109,5 °.

* Water (H2O) versus waterstoffluoride (HF): Water heeft een gebogen vorm vanwege de enige paren op zuurstof. Het vervangen van één waterstof door fluor maakt het molecuul nog meer polair en verandert de bindingshoek enigszins.

* ammoniak (NH3) versus chloramine (NH2CL): Ammoniak heeft een trigonale piramidale vorm vanwege het enige paar op stikstof. Het vervangen van één waterstof door chloor verandert de geometrie aanzienlijk, waardoor deze meer polair is en de bindingshoeken mogelijk verschoof.

Samenvattend:

De vervanging van waterstofatomen door halogeenatomen in een molecuul kan de geometrie aanzienlijk beïnvloeden als gevolg van factoren zoals elektronegativiteit, bindingslengte, bindingshoeken en de aanwezigheid van eenzame paren. De specifieke veranderingen zijn afhankelijk van het specifieke molecuul en het betrokken halogeen.