Vetzuren hebben doorgaans een lineaire koolwaterstofketen met aan één uiteinde een carbonzuurgroep (-COOH). De koolstofatomen in de keten zijn genummerd vanaf de carbonzuurgroep als koolstof 1 (C1). De configuratie van een vetzuur verwijst naar de ruimtelijke rangschikking van de waterstof- en koolstofatomen langs de koolwaterstofketen.

Vetzuren kunnen verschillende configuraties hebben, die worden bepaald door de aanwezigheid van dubbele bindingen tussen koolstofatomen in de keten. De twee meest voorkomende configuraties zijn cis en trans.

- Cis-configuratie :In een cis-configuratie bevinden de waterstofatomen van twee aangrenzende koolstofatomen zich aan dezelfde kant van de dubbele binding. Hierdoor ontstaat er een knik of knik in de koolwaterstofketen, waardoor een compactere structuur ontstaat.

- Trans-configuratie :In een trans-configuratie bevinden de waterstofatomen op twee aangrenzende koolstofatomen zich aan weerszijden van de dubbele binding. Dit resulteert in een rechtere koolwaterstofketen en een uitgebreidere structuur.

De configuratie van een vetzuur kan een aanzienlijke invloed hebben op de fysische en chemische eigenschappen ervan, zoals het smeltpunt en de reactiviteit. Cis-vetzuren hebben bijvoorbeeld doorgaans lagere smeltpunten en zijn gevoeliger voor oxidatie dan trans-vetzuren.

In de context van voeding is de configuratie van vetzuren belangrijk omdat deze de gezondheidseffecten ervan kan beïnvloeden. Transvetzuren worden bijvoorbeeld over het algemeen als minder gezond beschouwd dan cis-vetzuren vanwege hun verband met een verhoogd risico op hart- en vaatziekten en andere gezondheidsproblemen.