organellen:

* Nucleus: Prokaryoten missen een echte kern. Hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet membraangebonden is.

* membraangebonden organellen: Prokaryoten missen andere membraangebonden organellen zoals mitochondria, endoplasmatisch reticulum, Golgi-apparaat, lysosomen en chloroplasten.

Andere functies:

* Cytoskeleton: Prokaryoten hebben een minder complex cytoskelet in vergelijking met eukaryoten. Ze missen de microtubuli en tussenliggende filamenten gevonden in eukaryoten.

* interne membranen: Prokaryoten hebben over het algemeen minder interne membranen dan eukaryoten.

* chromosomen: Prokaryotisch DNA is meestal cirkelvormig en bestaat als een enkel chromosoom. Eukaryoten hebben meerdere lineaire chromosomen.

* lineaire chromosomen: Prokaryoten hebben een enkel cirkelvormig chromosoom. Eukaryoten hebben meerdere lineaire chromosomen.

* introns: Prokaryoten bevatten geen introns in hun genen.

* Complexe eiwitsynthese: Prokaryotische ribosomen zijn kleiner dan eukaryotische ribosomen.

* Celdeling: Prokaryoten verdelen door binaire splijting, een eenvoudiger proces dan eukaryotische mitose en meiose.

Het is belangrijk om te onthouden dat sommige prokaryoten specifieke functies kunnen hebben die niet aanwezig zijn in alle andere prokaryoten. Sommige bacteriën hebben bijvoorbeeld gespecialiseerde structuren zoals flagella, pili of capsules.