Hoewel microscopen een cruciale rol speelden bij het begrijpen van de microscopische wereld, leverden ze niet direct bewijs voor de biogenese theorie. De theorie van de biogenese stelt dat levende organismen alleen kunnen voortkomen uit andere levende organismen, en dit werd voornamelijk vastgesteld door experimenten, niet alleen door microscopische waarnemingen.

Dit is waarom:

* microscopen onthullen het bestaan van micro -organismen: Microscopen stonden wetenschappers toe om micro -organismen zoals bacteriën en protozoa te observeren. Dit was cruciaal voor het begrijpen van het bestaan van deze levensvormen, maar het bewees niet direct waar ze vandaan kwamen.

* Pasteur's Experiment and the Swan-neck Flask: Het beroemde experiment van Louis Pasteur met Swan-Neck-flessen bood het meest overtuigende bewijs voor biogenese. Hij toonde aan dat bouillon kookte in een zwanenhalsflask, zelfs wanneer ze werden blootgesteld aan lucht, omdat de curve voorkwam dat stofdeeltjes die micro-organismen droegen, de bouillon bereikten. Dit experiment bewees dat micro-organismen niet spontaan genereerden in de bouillon, maar in plaats daarvan ontstonden uit reeds bestaande micro-organismen in de lucht.

Hoewel microscopische observaties essentieel waren bij de ontwikkeling van de biogenese theorie, waren het de zorgvuldig ontworpen experimenten zoals Pasteur die het begrip stold dat het leven alleen voortkomt uit reeds bestaand leven.