* Modificatie van herkenningssites: Beperkingsenzymen herkennen vaak specifieke, korte DNA -sequenties die herkenningssites worden genoemd. Deze sites zijn meestal 4-8 basenparen lang. Om zelf te voorkomen, heeft bacterieel DNA (waar restrictie-enzymen ontstaan) een ingebouwd afweermechanisme. Deze DNA -sequenties zijn chemisch gemodificeerd (meestal door methylatie) door andere enzymen. Deze wijziging "verbergt" de herkenningslocatie voor het restrictie -enzym, waardoor deze niet kan binden en snijden.

* methylering: Methylering is het proces van het toevoegen van een methylgroep (CH3) aan een basis in de DNA -sequentie. Deze aanpassing verandert de vorm van het DNA en maakt het onherkenbaar voor het restrictie -enzym.

* specificiteit en bescherming: Elk restrictie -enzym heeft een specifieke herkenningssequentie en het modificatiesysteem is afgestemd op matchen. Dit zorgt ervoor dat het enzym buitenlands DNA snijdt (dat meestal niet gemethyleerd is) terwijl het zijn eigen DNA intact blijft.

Samenvattend: Het is niet zo dat beperkingsenzymen hun eigen DNA niet kunnen snijden, het is dat hun gastheercellen mechanismen (voornamelijk methylering) hebben ontwikkeld om hun eigen DNA te beschermen tegen de enzymen die ze produceren. Dit zorgt ervoor dat het restrictie -enzym effectief kan verdedigen tegen het binnenvallen van virussen of ander buitenlands DNA, zonder het eigen genetische materiaal van de gastheer te schaden.