Prokaryotische cellen zijn eenvoudiger dan eukaryotische cellen en missen veel van de organellen in eukaryoten. Hier zijn enkele belangrijke organellen die alleen in prokaryoten worden gevonden:

* geen kern: Prokaryoten missen een echte kern. Hun DNA bevindt zich in een gebied genaamd de nucleoid , die niet wordt omsloten door een membraan.

* Geen membraangebonden organellen: Prokaryoten missen andere membraangebonden organellen zoals mitochondria, Golgi-apparaat, endoplasmatisch reticulum, lysosomen, enz.

* ribosomen: Prokaryoten hebben ribosomen, maar ze zijn kleiner dan eukaryotische ribosomen (70s vs. 80s).

* Celwand: De meeste prokaryoten hebben een stijve celwand buiten hun celmembraan. De samenstelling van de celwand varieert afhankelijk van het type bacteriën.

* capsule: Sommige prokaryoten hebben een beschermende laag genaamd een capsule buiten de celwand.

* pili en flagella: Deze structuren helpen bij beweging en gehechtheid.

Belangrijke opmerking: Hoewel prokaryoten veel organellen missen die in eukaryoten worden gevonden, hebben ze zeer gespecialiseerde structuren en mechanismen om alle essentiële levensprocessen uit te voeren.