Prokaryotische cellen zijn eenvoudiger dan eukaryotische cellen en missen membraangebonden organellen. Hier zijn de structuren die vaak worden aangetroffen in prokaryotische cellen:

buitenste laag:

* Celwand: Een rigide laag die structurele ondersteuning en bescherming biedt, meestal gemaakt van peptidoglycan.

* capsule: Een slijmerige, buitenste laag die de cel helpt zich aan oppervlakken te hechten en het immuunsysteem van de gastheer te ontwijken (niet aanwezig in alle prokaryoten).

Celmembraan:

* plasmamembraan: Een dun, selectief permeabel membraan dat het cytoplasma omsluit en de doorgang van moleculen in en uit de cel reguleert.

Interne structuren:

* cytoplasma: De gelachtige stof die de cel vult en de interne componenten van de cel bevat.

* nucleoid: Een gebied in het cytoplasma waar het DNA van de cel zich bevindt. Het DNA is typisch cirkelvormig en is niet ingesloten door een membraan.

* ribosomen: Kleine, korrelige structuren die verantwoordelijk zijn voor eiwitsynthese.

* plasmide: Kleine, cirkelvormige DNA -moleculen die onafhankelijk van het hoofdchromosoom kunnen repliceren. Plasmiden dragen vaak genen voor antibioticaresistentie of andere gunstige eigenschappen.

* flagella: Lange, zweepachtige aanhangsels die de cel helpen bewegen.

* pili: Korte, haarachtige aanhangsels die de cel helpen bevestigen aan oppervlakken.

Opmerking: Niet alle prokaryoten hebben al deze structuren. Sommigen missen misschien flagella, pili of zelfs een capsule. De specifieke kenmerken van een prokaryotische cel kunnen variëren, afhankelijk van de soort en zijn omgeving.