* membraangebonden kern: Bacteriën zijn prokaryoten, wat betekent dat ze een membraangebonden kern missen. Hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, maar het is niet ingesloten in een membraan.

* membraangebonden organellen: In tegenstelling tot eukaryotische cellen missen bacteriën organellen zoals mitochondriën, Golgi -apparaat, endoplasmatisch reticulum, lysosomen, enz.

* Cytoskeleton: Hoewel bacteriën een aantal structurele eiwitten hebben, hebben ze niet het complexe en georganiseerde cytoskelet dat wordt gevonden in eukaryotische cellen. Dit cytoskelet is verantwoordelijk voor het handhaven van vorm, beweging en intracellulair transport in eukaryoten.

* lineaire chromosomen: Bacterieel DNA is meestal cirkelvormig, niet lineair zoals in eukaryotische cellen.

Het is belangrijk op te merken dat hoewel deze structuren afwezig zijn in typische bacteriecellen, er uitzonderingen zijn. Sommige bacteriën kunnen gespecialiseerde structuren hebben, zoals interne membranensystemen voor het uitvoeren van bepaalde metabole processen. Deze zijn echter niet zo complex of zo wijdverbreid als de membraangebonden organellen in eukaryotische cellen.