Er zijn verschillende soorten microscopen, elk met zijn eigen sterke punten:

* lichtmicroscopen zijn het meest voorkomende type. Ze gebruiken zichtbaar licht om het monster te verlichten en te vergroten.

* elektronenmicroscopen Gebruik een elektronenstraal in plaats van licht om een vergroot beeld te maken. Ze kunnen een veel hogere vergroting bereiken dan lichtmicroscopen, waardoor wetenschappers details kunnen zien over de interne structuur van de cel.

* Scanning Electron Microscopen (SEMS) Scan het oppervlak van een exemplaar met een bundel elektronen en produceert 3D -afbeeldingen.

* transmissie -elektronenmicroscopen (TEM's) Stuur een elektronenstraal door een dun plakje van het monster, waardoor wetenschappers de interne structuren van de cel kunnen zien.

Het gebruikte type microscoop is afhankelijk van de grootte en het type cel dat wordt waargenomen en de details die wetenschappers willen zien.