* 9 + 2 opstelling van microtubuli: Beide structuren hebben een kern van microtubuli gerangschikt in een specifiek patroon. Er zijn negen paar microtubuli gerangschikt in een ring rond een centraal paar. Deze opstelling wordt de structuur "9 + 2" genoemd.

* basale lichaam: Zowel cilia als flagella zijn afkomstig van een basaal lichaam, wat een structuur is die ze aan de cel verankert. Het basale lichaam is ook structureel vergelijkbaar met een centriole.

* Dynein Arms: Deze moleculaire motoren zijn bevestigd aan de microtubuli en gebruiken ATP om de kracht voor beweging te genereren.

* plasmamembraan: Beide structuren worden bedekt door een plasmamembraan, een voortzetting van het plasmamembraan van de cel.

Deze gedeelde kenmerken duiden op een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong en bewegingsmechanisme.