Schimmels zijn een diverse groep organismen en hun classificatie is in de loop van de tijd aan verandering onderhevig. Momenteel verdeelt de meest geaccepteerde classificatie schimmels in zeven grote groepen:

1. Chytridiomycota (Chytrids)

- Dit zijn de meest primitieve schimmels, met flagellated sporen (zoosporen).

- Velen zijn aquatisch, maar sommige leven in bodem of op planten.

- Sommige chytriden zijn parasieten van planten, dieren en andere schimmels.

2. Blastocladiomycota

- Deze zijn vergelijkbaar met chytriden, maar hebben een unieke levenscyclus en verschillende cellulaire structuren.

- Ze zijn vaak saproben van organisch materiaal, vooral water.

3. Neocallimastigomycota

- Dit zijn anaërobe schimmels in de spijsverteringskanalen van herbivore dieren.

- Ze spelen een rol bij het afbreken van plantmateriaal.

4. Glomeromycota

- Dit zijn obligate symbionten die arbusculaire mycorrhizae vormen met plantenwortels.

- Ze bieden planten van voedingsstoffen, vooral fosfor.

5. Ascomycota (SAC Fungi)

- Dit is de grootste groep schimmels, met meer dan 64.000 soorten.

- Ze produceren sporen in een zakachtige structuur die een ascus wordt genoemd.

- Ascomyceten omvatten gisten, truffels, morieljes en vele plantenpathogenen.

6. Basidiomycota (Club Fungi)

- Deze schimmels produceren sporen op clubvormige structuren genaamd Basidia.

- Basidiomycetes omvatten paddestoelen, paddestoelen, puffballs en roest.

7. Microsporidia

- Dit zijn obligate intracellulaire parasieten van dieren, inclusief mensen.

- Ze onderscheiden zich door hun kleine formaat en unieke sporen.

Opmerking: Er zijn andere schimmelgroepen die minder goed gekarakteriseerd zijn, en de classificatie evolueert voortdurend naarmate nieuwe ontdekkingen worden gedaan.