Hier is het belangrijkste verschil:

* eukaryotische cellen Heb een echte kern ingesloten door een membraan, evenals andere membraangebonden organellen zoals mitochondria en Golgi-apparaat.

* prokaryotische cellen Ontbreekt een kern en andere membraangebonden organellen. Hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet wordt ingesloten door een membraan.

Bacteriën, samen met Archaea, zijn geclassificeerd als prokaryoten.