Dit is waarom:

* Gebrek aan een kern: Prokaryoten missen een membraangebonden kern en hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd. Cyanobacteriën voldoen aan deze beschrijving.

* eenvoudige celstructuur: Prokaryoten hebben over het algemeen een eenvoudigere celstructuur in vergelijking met eukaryoten. Ze missen membraangebonden organellen zoals mitochondria, Golgi-apparaat en endoplasmatisch reticulum. Cyanobacteriën vertonen ook dit kenmerk.

* Grootte: Prokaryoten zijn meestal veel kleiner dan eukaryoten. Cyanobacteriën zijn relatief klein en zijn in overeenstemming met het prokaryotische groottebereik.

Hoewel cyanobacteriën fotosynthese als planten uitvoeren, zijn ze fundamenteel verschillend in hun cellulaire structuur en organisatie.