Chromosomen bepalen het fenotype van een individu omdat ze de genen bevatten die coderen voor de eigenschappen van het individu. Genen zijn stukjes DNA die instructies geven voor de ontwikkeling en het functioneren van een organisme. Elk chromosoom draagt ​​meerdere genen, en de combinatie van genen op een chromosoom bepaalt het fenotype van het individu.

Het gen voor de oogkleur bevindt zich bijvoorbeeld op chromosoom 1. Als een individu twee exemplaren van het bruine-ogen-gen heeft, zal hij bruine ogen hebben. Als een individu één kopie van het bruine-ogen-gen en één kopie van het blauwe-ogen-gen heeft, heeft hij lichtbruine ogen. Het fenotype van een individu is het resultaat van de interactie van alle genen op zijn chromosomen.

Naast genen bevatten chromosomen ook andere DNA-sequenties die betrokken zijn bij het reguleren van genexpressie. Deze sequenties kunnen genen aan- of uitschakelen, en ze kunnen ook bepalen hoeveel van een eiwit er wordt geproduceerd. Dit betekent dat het fenotype van een individu ook kan worden beïnvloed door de manier waarop zijn genen worden gereguleerd.

De studie van chromosomen en genen wordt genetica genoemd. Genetica is een complex vakgebied, maar het is essentieel om te begrijpen hoe individuen hun eigenschappen erven en hoe die eigenschappen tot uiting komen.