De grootte van de mitochondriën kan variëren afhankelijk van het celtype en het organisme, maar ze hebben doorgaans een diameter van 0,75 tot 3 micrometer. Met andere woorden, ze zijn erg klein, ongeveer zo groot als een bacterie. Mitochondria worden vaak omschreven als boonvormig of ovaal, maar ze kunnen ook andere vormen hebben, zoals bollen of staafjes.