Het is een uitdaging om nauwkeurig onderscheid te maken tussen mannelijke en vrouwelijke Protoceratops, uitsluitend op basis van waarneembare kenmerken. In tegenstelling tot bepaalde soorten waarbij seksueel dimorfisme duidelijk zichtbaar is in grootte of fysieke kenmerken, vertonen Protoceratops geen duidelijke externe verschillen tussen de geslachten. Daarom kan het moeilijk zijn om het geslacht van Protoceratops te bepalen zonder uitgebreide wetenschappelijke analyse.