Het verschil tussen histone en nonhistone is eenvoudig. Beide zijn eiwitten, beide bieden structuur aan DNA en beide zijn componenten van chromatine. Hun belangrijkste verschil zit in de structuur die ze bieden. Histone-eiwitten zijn de spoelen waarover DNA windt, terwijl niet-histone-eiwitten de steigerstructuur bieden. Een andere manier om aan het verschil te denken, is dat nonhistone-eiwitten die eiwitten zijn die overblijven nadat alle histonen zijn verwijderd uit chromatine.
Chromatine

Histonen zijn de belangrijkste eiwitcomponenten van chromatine. Chromatine is een "complex van nucleïnezuren (bijv. DNA of RNA) en eiwitten (histonen), dat tijdens de celdeling condenseert en een chromosoom vormt." Denk aan chromatine als een vacuümverpakking waarmee een groter volume kleding netjes kan worden gepast in een la. Zonder chromatine zou de waarde van een enkele cel tot een onhandige lengte van 1,8 meter kunnen afwikkelen! Bovenop de verpakking versterkt chromatine het DNA zodat tijdens celdeling (in mitose of meiose) het DNA de structurele integriteit niet verliest.
Histonen

Histonen zijn eiwitten die een essentiële structuur bieden voor DNA, het leven mogelijk maken. Deze eiwitten fungeren als spoelen waarover DNA windt. De waarde van een enkele cel aan ongesmolten menselijk chromosomaal DNA zou zich bijvoorbeeld ongeveer 1,8 meter uitstrekken. Dankzij histonen neemt het opgerolde, 'gecomprimeerde' DNA slechts ongeveer 90 millimeter ruimte in beslag. Zonder histonen zou DNA zich niet kunnen organiseren in chromosomen, en het leven zoals we dat kennen zou niet bestaan. ”Bovendien spelen histonen een rol in genregulatie. Als onderdeel van chromatine helpen histonen bij de controle van 'expressie', dat proces waarbij de gecodeerde informatie in genen wordt omgezet in de operationele structuren in de cel.
Nonhistonen

Volgens EverythingBio.com, een nonhistone is een "eiwit dat achterblijft in chromatine nadat de histonen zijn verwijderd." Deze eenvoudige uitspraak doet geen recht aan de belangrijke rol die nonhistones spelen. Niet-histone proteïnen omvatten steigerproteïnen, Heterochromatine Proteïne 1, DNA-polymerase en Polycomb, en andere motoreiwitten, die allemaal essentiële rollen spelen in de celstructuur. Nonhistones zorgen in feite voor de steigerstructuur van DNA en vervullen tal van andere structurele en regulerende functies die het leven mogelijk maken.
Betekenis

Histones kunnen niet alleen werken. Histone-eiwitten kunnen hun functies alleen voltooien in de aanwezigheid van niet-histone-eiwitten. Maar histoneiwitten verschillen van niet-histonen in die zin dat histone-eiwitten in hoge mate over soorten behouden zijn, terwijl niet-histonen dat niet zijn. Met andere woorden, de histoneiwitten die in één soort worden gevonden, worden typisch in andere soorten gevonden. Beide eiwitten zijn essentieel voor de biologie, beide worden gevonden in levende cellen, beide bieden structuur aan DNA, maar de manieren waarop ze werken verschillen aanzienlijk.